Les chercheurs tentent toujours de préciser les différences entre les abeilles sauvages et les abeilles domestiques, mais la réponse n'est pas facile. Les abeilles mellifères ne sont pas entièrement domestiquées et il n'existe pas de traits génétiques ou comportementaux clairs qui distinguent nettement les colonies sauvages de celles gérées par les apiculteurs. En Europe, où les les populations sauvages sont considérées comme menacées, Les scientifiques définissent les abeilles sauvages d'un point de vue écologique : il s'agit de colonies qui vivent sans intervention humaine et qui sont capables de se maintenir dans le temps.
Une récente étude américaine a mis en évidence une autre différence possible : la composition du microbiome. Des recherches menées au Welder Wildlife Refuge, dans le sud du Texas, ont comparé des abeilles non gérées depuis au moins 30 ans à des abeilles élevées par des apiculteurs. L'étude a révélé des différences significatives dans les communautés microbiennes de leur système digestif. Les colonies gérées présentaient des marqueurs de résistance aux antibiotiques, en particulier aux tétracyclines, probablement liés aux pratiques apicoles courantes.
D'autres études menées dans d'autres régions du monde, où différentes méthodes d'apiculture sont pratiquées, pourraient aider les chercheurs à mieux comprendre si et comment ces différences peuvent être utilisées pour distinguer les populations sauvages des populations gérées, et si elles peuvent jouer un rôle dans la santé et le bien-être des colonies d'abeilles.
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